Sistemas de arquivos podem ser criptografados para protegê-los de curiosos e para impedir que seu conteúdo seja comprometido. Criptografia de discos pode ser feita durante a instalação ou pode ser habilitada posteriormente. Distribuições Linux costumam usar o método LUKS e as tarefas relacionadas com criptografia de discos são normalmente feitas com a ferramenta cryptsetup.
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